Funções em falta

        Na tabela com junção de informação existiam 21 proteinas sem informação em relação à sua função, das quais 18 hipotéticas. Para tentar encontrar a função recorreu-se à análise dos dominios conservados, blast, alinhamento múltiplo e árvore filogénica.
 
  • lpg2161:

        Superfamily: Methylmalonic aciduria and homocystinuria type C protein and similar proteins (MMACHC-like)

        MMACHC, também chamado CblC, está envolvido no processamento intracelular de vitamina B12 por catalisar duas reações: a desacianação redutora de cianocobalamina na presença de uma oxidorredutase flavoproteína e o desalquilação de alkylcobalamins através do deslocamento nucleofílico do grupo alquil da glutationa.

        

  • lpg2164:

        O resultado do Blast não nos permitiu inferir quanto à função desta proteína. Ainda assim, fez se o alinhamento e, posteriormente, realizou-se o blast da sequência mais próxima e da sequência com maior score que não fosse de Legionella. 

        Concluiu-se que esta última proteína (não Legionella) é da superfamília DUF1440 que é uma superfamília de proteínas bacterianas com aproximadamente 180 resíduos, pensa-se que poderão ser proteínas membranares integrais.

  • lpg2166:

        Não foi encontrada nenhuma sequência na bast que não pertencesse à legionella em estudo. Também na pesquisa de domínios conservados nenhum foi encontrado não permitindo conclusões sobre a função desta proteina.

  • lpg2168 (Não hipotética):

        Nas anotações do gene ontology havia a referência a ‘transferase activity’. Nos domínios conservados é possível observar que pertence à família NAT_SF. Esta é uma família de enzimas que na sua maioria catalizam a transferência do grupo ‘acyl’ para um substrato estando envolvidas em diversas funções como resistência bacteriana a antibióticos. Nos resultados é possível observar que a maioria dos nomes das proteínas tem GNAT, ou seja, pertencem à familia NAT. As informações complementam-se já que uma transferase é uma enzima que desloca grupos especificos de uma molécula para a outra.

  • lpg2170:

        Não foi encontrada nenhuma sequência na bast que não pertencesse à legionella em estudo. Também na pesquisa de domínios conservados nenhum foi encontrado não permitindo conclusões sobre a função desta proteina.

  • lpg2182:

        Após ser realizado o Blast, conluiu-se que esta proteína pertence à superfamília AdoMet-MTases que tem como função usar a S-adenosyl-L-metionina (SAM ou AdoMet) como substrato para a metiltransferase, criando o produto S-adenosyl-L-homocisteína (AdoHcy).

  • lpg2185:
        Não foi encontrada nenhuma sequência na bast que não pertencesse à legionella em estudo. Também na pesquisa de domínios conservados nenhum foi encontrado não permitindo conclusões sobre a função desta proteina.
  • lpg2199:
        Não tem domínios conservados. Na árvore filogenética diverge com outras duas proteinas sendo que uma delas pertence à família tonb_c e a outra contém outro dominio, TlpA-like. As outras proteinas que divergiram inicialmente também apresentam grupos distintos. Este resultado não permite concluir a função, as informações da tabela disponiveis referem-se à localização no citoplasma e a pertencer à classe I aminoacyl-tRNA synthetase family. Esta classe corresponde a proteinas que catalisam a ligação do aminoácido à molécula t-RNA numa reação altamente específica
 

 

  • lpg2200:

        Nos resultados da blast todas tinham envolvido secreção e a com score mais elevado que não hipotética tinha a seguinte informação 'type IV secretion protein Dot', o que leva a crer que esta proteina tem função secretora. Através da árvore é possível visualizar que a proteina mais próxima é a tipo 4 secretora da legionella e todas as outras estão relacionadas com a secreção, o que leva a concluir que esta é uma proteína secretora.

  • lpg2207:

    Esta proteina apresenta uma zona conservada pertencente à superfamília Ykud_2. As proteinas do blast eram quase todas hipotéticas e da espécie em estudo o que não trouxe nenhuma informação adicional. Em relação ao dominio conservado esta familia está associada atuar como 'L,D-transpeptidase'. Esta função dá resistência à bactériapara antibióticos 'beta-lactam' ao criar uma ligação alternativa para peptidoglycan cross-linking que de outra forma era bloqueada pelo antibiótico.

  • lpg2211:
        Para esta proteina foi encontrado um dominio conservado,a  familia upf0047. Esta familia não tem funçaõ conhecida apenas que o alinhamento contém zonas conservadas correspondentes ao ácido aspártico e histidina que podem ser importantes funcionalmente.

Familia upf0047. Apartir do blast a sequência mais próxima dá algumas informações através do nome de ser uma enzima sintase mas no caso de dominios conservados pertence à mesma superfamilia.

  • lpg2220:

        Sem domínios identificados, os resultados ficavam-se por proteínas hipotéticas sem função definida o que não permitiu concluir nada sobre a função.

  • lpg2221:

        Para esta proteina existem várias notas para diferentes regiões. Estas notas levam a acreditar numa tendência do aparecimento de várias superfamílias nas regiões o que se confirmou. Foram encontradas várias familias como a LbH_MAT_like, PRK09677, NON-RIBOSOMAL_PEPTIDE_SYNTHETASE e WbbJ. Para a primeira familia a função das proteinas está relacionado com a catalização do  'CoA-dependent acetylation' do grupo hidroxilo-6. A segunda está relacionada com 'biosynthesis O-acetyl transferase, a terceira não tem função associadas conhecidas e a última está relacionada com 'Acetyltransferase'. Através da árvore é possivel observar uma grande divergência entre as proteinas hipotéticas e as não hipotética e a mais próxima não permite associar nenhuma função. Esta proteina provavelmente é uma transferase devido às informações vindas dos grupos conservados.

  • lpg2242:

        Após ser realizado o Blast, conluiu-se que esta proteína pertence à superfamília DUF1688, que é caracterizada por corresponder a proteínas de função desconhecida. Ainda assim, foi feito o seu alinhamento com outras proteínas resultantes do Blast, mas esta proteína destacou-se muito remotamente de todas as outras, não se podendo concluir sobre qualquer função desta proteína.

  • lpg2247:
        Através do nome da proteina é possivel desde logo associar a uma familia 'DedA family protein'. E isto veio-se a provar com a informação da blast em que as proteinas mais próximas são associadas à familia DedA. Esta é um membro de outra superfamilia, a SNARE associada a proteinas do complexo de golgi. Foram encontradas mais duas zonas conservadas sendo que uma é a SNARE e outra fazia parte da superfamilia anterior, ou seja, as zonas conservadas eram sub-familias da superfamilia SNARE. Esta superfamilia associada ao complexo de golgi medeia a fusão de vesiculas.
 
  • lpg2254:

        Superfamily: TIM_phosphate_binding

        Específico para esta família é o sítio de ligação do fosfato conservada nas bordas das strands 7 e 8. As proteínas da família TIM têm a capacidade de obstruir a liberação de alguns vírus, como o HIV.

  • lpg2260 (Não hipotética):

        Superfamily: Poly-beta-hydroxybutyrate polymerase (PhaC) N-terminus

        Esta família representa a região N-terminal da polimerase de poli-beta-hidroxibutirato bacteriana (PhAc). Esta família parece ser um segmento de um domínio de alfa/beta-hidrolase. São enzimas responsáveis pelo processo de polimerização, a partir das unidades monoméricas, durante a biossíntese do polímero.

  • lpg2266:

        Superfamily: DUF1415

        Esta família é composta por várias proteínas bacterianas hipotéticas de cerca de 180 resíduos de comprimento. A função desta família é desconhecida.

  • lpg2275:

        Não foi encontrada nenhuma sequência na bast que não pertencesse à legionella em estudo. Também na pesquisa de domínios conservados nenhum foi encontrado não permitindo conclusões sobre a função desta proteina.

  • lpg2281:

        Não foi encontrada nenhuma sequência na bast que não pertencesse à legionella em estudo. Também na pesquisa de domínios conservados nenhum foi encontrado não permitindo conclusões sobre a função desta proteina.

  • lpg2289:

        Não foi encontrada nenhuma sequência na bast que não pertencesse à legionella em estudo. Também na pesquisa de domínios conservados nenhum foi encontrado não permitindo conclusões sobre a função desta proteina.

  • lpg2306 (Não hipotética):

        Superfamily : Rhodanese Homology Domain (RHOD)

        Um número crescente de pesquisas indicam que alguns módulos de rhodanese são portadores de enxofre versátil que adaptaram a sua função para atender às necessidades de enxofre reativo em distintas vias metabólicas e reguladoras.

  • lpg2311:

        Não foi encontrada nenhuma sequência na bast que não pertencesse à legionella em estudo. Também na pesquisa de domínios conservados nenhum foi encontrado não permitindo conclusões sobre a função desta proteina.

  • lpg2313:

        Superfamily: DUF1704

        Esta família contém muitas proteínas hipotéticas.

  • lpg2315:

        Não foi encontrada nenhuma sequência na bast que não pertencesse à legionella em estudo. Também na pesquisa de domínios conservados nenhum foi encontrado não permitindo conclusões sobre a função desta proteina.

  • lpg2359:

        Superfamily: GatB domain

        Este domínio encontra-se em GatB. É composto por cerca de 140 resíduos de aminoácidos. Este domínio encontra-se no terminal C do GatB, que transmite Glu-tRNA de Gln-tRNA.

        Para esta proteína, o resultado do blast deu origem a proteínas de outras espécies e decidiu-se fazer o alinhamento destas várias proteínas:

 

        Ainda assim, as funções das restantes proteínas estão sempre relacionadas com a superfamília GatB domain, não podendo assim retirar alguma conclusão quanto à verdadeira função da proteína correspondente ao gene lpg2359.